Finał całej sprawy miał miejsce 21 czerwca 1945 r., kiedy to z wyroku Kolegium Wojskowego Sądu Najwyższego ZSRR, skazano Stanisława Jankowskiego na 8 lat więzienia, gen. Okulickiego na 10 lat więzienia, Adama Bienia na 5 lat, Stanisława Jasiukowicza na 5 lat, Kazimierza Pużaka na 1,5 roku, Kazimierza Bagińskiego na rok, Aleksandra Zwierzyńskiego na 8 miesięcy, Eugeniusza Czarnowskiego na 6 miesięcy, Stanisława Mierzwę, Zbigniewa Stypułkowskiego, Józefa Chacińskiego i Franciszka Urbańskiego na 4 miesiące więzienia. Uniewinniono Kazimierza Kobylańskiego i Stemler-Dąbskiego.
Na osobnym procesie skazano na 5 lat Antoniego Pajdaka.

Trzy osoby z tej grupy nigdy nie wróciły do kraju. Jan Stanisław Jankowski zmarł 13 marca 1953 r., w więzieniu we Włodzimierzu nad Klaźmą. Wcześniej, 22 października 1946 r., w więzieniu w Moskwie zmarł Stanisław Jasiukowicz, natomiast 24 grudnia tego roku w niejasnych okolicznościach gen. Okulicki.

W związku z aresztowaniem przywódców Polskiego Państwa Podziemnego, w kraju postanowiono przystąpić do reorganizacji podziemia. Już 7 kwietnia 1945 r., w Warszawie zebrała się zdekompletowana Rada Jedności Narodowej. Na posiedzenie przybyli: nie aresztowani do tej pory członkowie RJN, Stefan Korboński - pełniący wówczas obowiązki dyrektora Departamentu Spraw Wewnętrznych delegatury rządu, prof. Józef Haydukiewicz "Limanowski" ze Stronnictwa Narodowego, Stanisław Wójcik "Kwaśniak" z SL, Józef Kawisiborski "Niemira" z SP, Zygmunt Kapitaniak "Stanisław" ze Zjednoczenia Narodowego. PPS-WRN reprezentował zamiast Zaremby, nieznany z nazwiska "zastępca do spraw prasowych". W trakcie obrad zdecydowano się na dokooptowanie w szeregi Rady nowych członków, w celu jej odbudowy.
W tym samym dniu podjęto również decyzję, o przekazanie bieżącego kierownictwa delegatury mecenasowi Stefanowi Korbońskiemu.

W toku rozmów na kolejnych zebraniach z dnia 16 i 24 kwietnia postanowiono jednomyślnie odbudować także Komisję Główną RJN, oraz samą Radę jednak w zmniejszonym składzie, a także z założeniem, że członkowie obu tych ciał będą funkcjonowali w charakterze pełniących obowiązki aresztowanych, których należało utrzymać na zajmowanych przed aresztowaniem stanowiskach, gdyż to utrudnić miało swobodę ruchów władz sowieckich, a także ułatwić interwencję Londynu w sprawie ich zwolnienia.
Całkiem inaczej zadecydowano o istnieniu Krajowej Rady Ministrów, którą postanowiono nie odbudowywać, bowiem nadzór ministrów w kraju nad Departamentami Delegatury okazał się iluzoryczny i czysto formalny. W praktyce KRM dublowała także kompetencje Rady Jedności Narodowej, odgrywając przy Delegacie Rządu rolę wyłącznie doradczą i opiniodawczą.

Pierwszym oficjalnym wystąpieniem nowych władz podziemia była wspólna depesza z 13 kwietnia 1945 r. RJN i Delegatury Rządu, wyrażająca narodowi amerykańskiemu kondolencje z powodu śmierci prezydenta Roosevelta. Dokument ten w jednym aspekcie kłócił się z negatywną rolą jaką w sprawie Polski odegrał prezydent USA, stwierdzał bowiem, że:

"Naród polski odczuwa tę stratę szczególnie boleśnie, gdyż zszedł z tego świata wielki mąż stanu, który nie dał się zwieść fałszywym dekoracjom, jakimi zgubna polityka stara się zasłonić prawdziwe oblicze i dążenia narodu polskiego. Był orędownikiem naszej walki o odzyskanie rzeczywistej wolności i o ustrój prawdziwie demokratyczny. Nadzieje związane z osobą zmarłego składamy w ręce narodu amerykańskiego i czcigodnego następcy, Harry Trumana".

Kolejnym wystąpieniem RJN na arenie międzynarodowej była depesza do Narodów Zjednoczonych, uchwalona na posiedzeniu z 24 kwietnia 1945 r., a wysłana następnego dnia i zaadresowana do przewodniczącego, amerykańskiego Sekretarza Stanu Stettiniusa.
Wyrażała ona wiarę stronnictw demokratycznych tworzących Sejm Polski Podziemnej, że Narody Zjednoczone nie przejdą do porządku dziennego nad tragedią kraju od sześciu lat walczącego o niepodległość.
Na kolejnym posiedzeniu, które miało miejsce 3 maja, doszło do ukonstytuowania się Komisji Głównej RJN, w składzie: Stanisław Wójcik ze Stronnictwa Ludowego, Jan Małachowski "Ożarowski" ze Stronnictwa Narodowego (zastąpił aresztowanego prof. Haydukiewicza), Józef Kwasiborski ze Stronnictwa Pracy oraz Zygmunt Zaremba z PPS.
Do zmniejszonej Rady postanowiono wprowadzić po jednym przedstawicielu czterech stronnictw, rezerwując piąte miejsce dla rotacji między Zjednoczeniem Demokratycznych, "Ojczyzną" i "Racławicami". W kwestii przewodnictwa postanowiono wprowadzić miesięczną rotację.

Na tym samym posiedzeniu aprobowano również tekst odezwy RJN, skierowanej do Narodów Zjednoczonych z 3 maja 1945 roku. Przedstawiała ona przebieg kontaktów władz podziemnych z płk. Pimienowem, potępiła aresztowanie piętnastu oraz przedstawiła sytuację w kraju, gdzie władze sowieckie i działające z ich ramienia komunistyczne władze polskie przeprowadzały masowe aresztowania byłych żołnierzy AK, działaczy podziemnych władz cywilnych a także tych, którzy w jakiś sposób im pomagali.
Pacyfikacje wsi i miasteczek doprowadziły do masowych ucieczek młodych ludzi do lasu, co w dużej mierze przyczyniło się do powstania stanu anarchii, której władze podziemne próbowały zapobiec. Odezwa powtarzała warunki powołania Tymczasowego Rządu Jedności Narodowej, a więc głównie to, że musiał on być oparty na partiach demokratycznych a także tworzony w konsultacji z rządem w Londynie i Radą Jedności Narodowej w Kraju. Mówiła także o tym, że wojska obce musza opuścić granice kraju, natychmiast po zakończeniu działań wojennych na zachodzie.

Odezwę kończyły słowa ubolewania z powodu nieobecności polskiego przedstawiciela w obradach Narodów Zjednoczonych w San Francisco.
Na tymże posiedzeniu przedstawiciel Stronnictwa Ludowego Stanisław Wójcik, zgłosił wnioski o likwidację dotychczasowych władz podziemnych, o powołanie innych a także o wyrażenie rządowi w Londynie votum nieufności. Wnioski te zostały odrzucone, natomiast uchwalono trzema głosami, przy Wójciku wstrzymującym się od oddania głosu, żądanie, by rząd zreorganizował się i zsolidaryzował z uchwałami RJN z 22 lutego 1945 r.
Ponadto uchwalono wniosek o konieczności ustąpienia prezydenta Raczkiewicza, jego wykonanie poruczając porozumieniu rządu z Mikołajczykiem.

Kolejne zebranie odbyło się 7 maja. Na wstępie przedstawiciel Stronnictwa Ludowego Stanisław Wójcik złożył oświadczenie, które zawieszało działalność SL w Radzie, do czasu rekonstrukcji rządu w Londynie, po czym opuścił posiedzenie Rady. Po tym dramatycznym wystąpieniu p.o. delegata Stefan Korboński złożył raport z prac reorganizacyjnych Delegatury, który Rada zaaprobowała ze względów bezpieczeństwa i trudnej sytuacji finansowej. Na koniec pod obrady wniesiono sprawę następstwa po gen. Okulickim. Funkcję komendanta powierzono płk. Rzepeckiemu, który 13 maja 1945 r., stanął na czele Delegatury Sił Zbrojnych na Kraj.

17 maja p.o. delegata Stefan Korboński wraz z RJN wydali kolejną odezwę do Narodu Polskiego, w której informowano naród o stanowisku i poglądach kierownictwa podziemnego na sytuację międzynarodową (potwierdzano, że uchwała RJN z 22 lutego 1945 r., jako zło konieczne, będzie podstawą do rozmów z ZSRR) oraz sytuację krajową (przede wszystkim zapowiadano utworzenie na demokratycznych zasadach Tymczasowego Rządu Jedności Narodowej, oraz apelowano o nieugiętą postawę wobec "samozwańców z Lublina"). Odezwa informowała również o celach, które zamierzano zrealizować, a także apelowała o spokój i nie prowokowanie okupanta sowieckiego:

"Nie dajcie się sprowokować do zbrojnej walki. Nie może ona obecnie przynieść korzyści celom do których zmierzamy, a narazi zapalne, a niekiedy najbardziej wartościowe jednostki spośród nas na zgubę. Wzywamy młodzież, która przed masowymi prześladowaniami i aresztowaniami schroniła się do lasu, by starała się wrócić do normalnego życia i produktywnej pracy, tam gdzie może. Pobyt Wasz w lesie stał się już pretekstem do krwawych pacyfikacji".

Odezwę tą uzupełnił wspólny apel delegata i komendanta Delegatury Sił Zbrojnych z 27 maja 1945 r. nawołująca żołnierzy do zaniechania walki i wyjścia z lasu.

Na posiedzeniu z 29 maja, p.o. delegata rządu Stefan Korboński złożył swoją dymisję. Został on zobowiązany przez swoje stronnictwo (SL), do rezygnacji z zajmowanego stanowiska, przy czym zgodził się, ze względu na brak decyzji rządu w sprawie zastępców delegata, pełnić swoje obowiązki do następnego posiedzenia RJN, które zostało wyznaczone na dzień 27 czerwca w Krakowie.
Decyzja Stronnictwa Ludowego o wystąpieniu jej przedstawicieli z Delegatury Rządu i Rady Jedności Narodowej pogłębiła istniejący kryzys, gdyż w ślad za ludowcami Stronnictwo Pracy wyznaczyło rządowi w Londynie czterotygodniowy termin dla reorganizacji, czyli utworzenia rządu udziałem Mikołajczyka, grożąc w razie niespełnienia tych postulatów, odejściem z RJN. W takiej sytuacji Rada przestałaby istnieć, gdyż PPS ze względów politycznych nie pozostałaby w Radzie ze Stronnictwem Narodowym, a gdyby nawet pozostała, nie byłaby to już Rada Jedności Narodowej a porozumienie dwóch stronnictw.

27 czerwca 1945 r., w Krakowie, doszło do zaplanowanego na ten dzień posiedzenia pod przewodnictwem Jerzego Brauna ze Stronnictwa Pracy. Wcześniej jednak miały miejsce wydarzenia, które stały się głównym tematem obrad.
Otóż 21 czerwca, w wyniku ustaleń zapadłych w Moskwie w dniach 17 - 21 czerwca, wyłoniono skład Tymczasowego Rządu Jedności Narodowej, w którym z 21 tek ministerialnych 17 znalazło się w rękach "komitetu lubelskiego". Było to kompletne zwycięstwo Sowietów.
Drugim, był wspomniany już proces aresztowanych przez NKWD, przywódców polskiego podziemia.
W trakcie obrad Korboński złożył w ręce Brauna swoją rezygnację z dalszej pracy w charakterze p. o. delegata rządu. Następnie Rada Jedności Narodowej doszła do wniosku, że wobec zaistniałej sytuacji, nie ma innego wyjścia jak pogodzenie się z istnieniem TRJN. Szansę widziano natomiast w rozpoczęciu legalnej walki politycznej, a nie konspiracyjnej, o cele przyświecające Polskiemu Państwu Podziemnemu.

Wielkie przygnębienie i oburzenie wywołał natomiast wynik procesu szesnastu. O swym stanowisku RJN poinformowała kraj i świat odezwą z 6 lipca 1945 r., (antydatowaną na 1 lipca ) skierowaną do Narodu Polskiego i Narodów Zjednoczonych, w której po omówieniu celów wojennych Polski Walczącej, polityki Rosji wobec Polski, programu demokracji polskiej i po ogłoszeniu Testamentu Polski Walczącej, uzasadniła swoją decyzję o samorozwiązaniu i zaprzestaniu działalności podziemnej.
Odezwa stwierdzała, że:

"Koniec wojny z Niemcami zastał Polskę w sytuacji niesłychanie trudnej, a nawet tragicznej. Gdy inne narody, zwłaszcza zachodnie, po zlikwidowaniu okupacji niemieckiej odzyskały rzeczywistą wolność i mogły przystąpić samodzielnie do urządzania sobie życia, Polska w wyniku wojny, w której poniosła największe ofiary, znalazła się pod nową okupacją, z rządem narzuconym przez ościenne mocarstwo i bez wyraźnych widoków na pomoc swoich sojuszników zachodnich.
W tym stanie polityka nieustępliwości wobec uchwał krymskich, prowadzona przez rząd polski w Londynie, zaczęła się rozmijać z faktami dokonanymi, stworzonymi przez Rosję w kraju. Szczególnie konferencja w Moskwie i wynikły z niej kompromis między grupą Mikołajczyka i kilku polskimi działaczami demokratycznymi a "Komitetem Lubelskim" stworzyły warunki, z którymi Polska Walcząca musi się liczyć.

Z chwilą powstania nowego rządu i uznania go przez mocarstwa zachodnie kończy się dla nas możliwość legalnej walki konspiracyjnej, opartej na uznawany powszechnie rząd w Londynie, a powstaje problem jawnej walki stronnictw demokratycznych w Polsce o cele narodu i swe programy. W tej jawnej walce Polska Podziemna nie chce stwarzać trudności ludziom dobrej woli, którzy znaleźli się w Tymczasowym Rządzie Jedności Narodowej. Nie chce też krępować poszczególnych stronnictw w wyborze dróg i linii taktycznej, którą w tej walce pójść będą chciały czy musiały.
1 lipca 1945 r. wszystkie stronnictwa demokratyczne Polski Podziemnej, reprezentowane w Radzie jedności Narodowej, powzięły jednomyślnie uchwałę rozwiązania Rady i podania tego faktu do wiadomości w kraju i zagranicy".

Z chwilą wydania tej odezwy Polskie Państwo Podziemne przestał istnieć.
5 lipca 1945 r., mocarstwa zachodnie cofnęły swoje uznanie dla rządu polskiego w Londynie. Rządy tych państw uznały bowiem powstanie TRJN za wypełnienie ustaleń konferencji krymskiej. W przewidywaniu takiego obrotu sprawy dnia 26 czerwca Rząd RP wydał odezwę, w której stwierdzono, że:

"nawet po cofnięciu mu uznania Rząd Polski nie przestanie być legalnym rządem. Nie jest on dalej rządem legalnym dlatego, że uznały go państwa obce, lecz dlatego, że wyraża wolę narodu polskiego i że powstał zgodnie z prawami Rzplitej".