Brak odrębnej organizacji, prowadzącej planową i powiązaną ze wszystkimi ośrodkami akcję dywersyjną, spowodował, że w latach 1939 - 1940 działalność dywersyjno-sabotażowa ograniczała się do nielicznych wystąpień o znaczeniu lokalnym, prowadzonych i inicjowanych z reguły przez dowódców niższych szczebli.
Jeśli więc "Wytyczne działań sabotażowo-dywersyjnych" były pierwszą, formalną podstawą do rozpoczęcia organizowania walki czynnej, o tyle rozkaz Komendanta na Okupację Niemiecką z 20 kwietnia 1940 r., o utworzeniu Związku Odwetu miał znaczenie fundamentalne.
Utworzenie nowej organizacji miało na celu ujęcie walki bieżącej w odrębne ramy organizacyjne, z własnym ośrodkiem dyspozycyjnym i organizacją na wszystkich szczeblach dowodzenia w terenie. Związek Odwetu miał być częścią składową ZWZ i tylko ze względu na bezpieczeństwo całej organizacji został z niej wyodrębniony w osobny pion sabotażowo-dywersyjny, działający na własnej sieci łączności.

Zgodnie z omawianym rozkazem dotychczasowy "Referat C" III Oddziału Dowództwa Głównego SZP, a następnie Komendy ZWZ na terenie okupacji niemieckiej przekształcony został na Referat Związku Odwetu.

Głównymi zadaniami nowo powołanej komórki było:

- Opracowanie instrukcji z zakresu sabotażu i dywersji.
- Zakup lub produkcja środków potrzebnych do prowadzenia walki bieżącej.
- Dostarczanie tych instrukcji i środków walki grupom terenowym poprzez własną sieć łączności i zaopatrzenia.

Szefem Referatu Związku Odwetu na szczeblu Komendy Okupacji Niemieckiej mianowano dotychczasowego kierownika "Referatu C" mjr Franciszka Niepokólczyckiego "Teodora".
Kierownicy referatów ZO w okręgach działali na podstawie instrukcji i środków otrzymanych z Referatu ZO KG ZWZ, natomiast akcje mieli oni prowadzić według rozkazów komendantów okręgów.

Do zadań owych referatów należało:

- Prowadzenie akcji sabotażowej, polegającej na skrytym uszkadzaniu lub niszczeniu narzędzi produkcji, zasobów materiałowych i środków transportowych oraz na wprowadzaniu zamętu w aparacie organizacyjnym okupanta w każdej dziedzinie jego działalności administracyjnej i gospodarczej.
- Prowadzenie akcji dywersyjnej, będącej jawną działalnością niszczycielską, prowadzoną z zaskoczenia przez specjalne zespoły wykonawcze, a stającą się dywersją bojową, jeśli akcje te związane były z walką zbrojną.
- Prowadzenie akcji terrorystycznych i odwetowych oraz akcji mających na celu obronę społeczeństwa przed eksterminacyjną działalnością okupanta.

Tymczasem 10 maja 1940 r., niemiecki Wehrmacht runął na zachód, w krótkim czasie rozbijając wojska aliantów. Wobec tak widocznej klęski cała koncepcja walki bieżącej, oparta przecież na sojuszu z Zachodem, przestała być aktualna.
W depeszy z 15 czerwca gen. Sosnkowski, wychodząc z założenia, że w obecnej sytuacji działalność ZO może tylko w niewielkim stopniu oddziaływać na rozwój sytuacji, nakazał ograniczenie akcji do rozmiarów uznanych za niezbędne, a nawet jej całkowite zaniechanie w przypadku stosowania przez Niemców represji na szeroką skalę.
Na dalsze, przełomowe jak się miało okazać decyzje, nie trzeba było długo czekać.
18 czerwca w radiogramie wysłanym z Libourne, a także w depeszy z 30 czerwca (wysłanej już z Londynu) oraz w instrukcji nr 5 z 8 lipca 1940 r., przekazano Roweckiemu decyzję o utworzeniu Komendy Głównej ZWZ w Kraju.

Obok tej fundamentalnej dla rozwoju ZWZ decyzji przekazano także rozkazy zaniechania - aż do odwołania - wszelkich akcji z bronią w ręku, które uznano za bezcelowe w zaistniałej sytuacji. Wyjątkiem miały być tylko działania mające zapewnić bezpieczeństwo organizacji.
Dodatkowo polecano przejście struktur ZWZ na pracę długofalową oraz zredukowanie ich stanów osobowych do niezbędnego minimum. Miało to zapewnić organizacji charakter wybitnie kadrowy.
W takich to okolicznościach doszło do kilkumiesięcznej przerwy w działalności sabotażowo-dywersyjnej, którą jednak wykorzystano na rozbudowę, usprawnienie i szkolenie aparatu dywersyjnego, choć nie tylko.
Mimo sporego wstrząsu, jakim była klęska Francji i odgórnego nakazu powstrzymywania się od wystąpień czynnych w historiografii znanych jest kilkadziesiąt akcji sabotażu i dywersji dokonanych w tym okresie, oto najgłośniejsze z nich:

Sabotaż i dywersja kolejowa.
- 15 sierpnia 1940 r., grupa ppor. sap. Wacława Smoczyka "Szeligi" dokonała dwóch zamachów bombowych na Dworcu Głównym we Wrocławiu i Dworcu Śląskim w Berlinie.
- W końcu sierpnia spowodowano zderzenie transportu wojskowego z transportem towarowym w Warszawie.
- We wrześniu dwukrotnie podpalono wagony ze słomą w transportach kolejowych pod Kielcami i na stacji Jedlnia, a 19 września w transporcie z sianem na stacji Łódź Kaliska.
- 22 października wykolejono pociąg towarowy między Zduńską Wolą a Sieradzem, rozbito wagon z amunicją w okolicach Skarżysko-Kamiennej, podłożono bombę zegarową w pociągu relacji Warszawa - Wiedeń.
Akcje bojowe.
- Dokonano zamachu bombowego na posterunek policji niemieckiej w Rybniku.
- 23 lipca 1940 r., rozbrojono grupy Selbstschutzu pod Radomskiem, w Stalowej Woli, Jaśle, Chełmie i Tomaszowie Mazowieckim.
- 27 października dokonano próby wysadzenia trybun niemieckich w Krakowie.
- Zlikwidowano kilkudziesięciu konfidentów, zdrajców i policjantów niemieckich wyróżniających się okrucieństwem wobec ludności polskiej.

Przełom, jakkolwiek niewielki nastąpił dzięki instrukcji nr 7 z 3 grudnia 1940 r., w której dopuszczano akcję sabotażową o słabym natężeniu, sporadyczne akcje zbrojne, ograniczone do samoobrony i represji wobec okupanta, oraz likwidowanie szpiegów i zdrajców.
Prawdziwym punktem zwrotnym, kończącym bierność w działalności Związku Odwetu był "Rozkaz wzmożenia akcji sabotażowej" z 14 lutego 1941 r.

Rozkaz ten wydano, przede wszystkim w oczekiwaniu na atak niemiecki na Wielką Brytanię. Mówił on o rozpoczęciu akcji sabotażowej o natężeniu średnim w zakresie:

- Biernego oporu w zakładach przemysłu wojennego, połączonego z rozmyślnym psuciem maszyn i materiałów.
- Sabotażu przeciwko magazynom i składom materiałów wojennych.
- Sabotażu przeciwko transportom paliwa płynnego, amunicji i żywności.
- Sabotażu rolnego i bakteriologicznego.

Efekty tych decyzji pokazały się bardzo szybko i były bardzo obiecujące. Dla przykładu można przytoczyć dwa meldunki Komendy Głównej ZWZ.

Meldunek nr 61 z 27 marca 1941 r., za okres od kwietnia 1940 do marca 1941 r. (większą część wymienionych niżej akcji wykonano już po wydaniu rozkazu o "wzmożonej akcji sabotażowej"):

- Uszkodzono 257 parowozów.
- Wywołano 37 pożarów w pociągach osobowych.
- Spalono lub podpalono: 142 wagony z różną zawartością, 400 cystern z materiałami pędnymi, 24 baraki wojskowe z materiałem wojskowym, armijne magazyny intendenckie w Warszawie, halę fabryczną PZL w Mielcu, armijne magazyny paszy w Krakowie, 3150 ton paszy w zapasach oraz 6 składów żywności dla wojska.

Meldunek nr 74 z 13 sierpnia 1941 r., za okres od 1 kwietnia do 1 sierpnia 1941 r.:

Sabotaż kolejowy:
- Uszkodzono 876 parowozów i 641 wagonów, wywołano 76 pożarów w pociągach transportowych na terenie Polski i 18 na terenie Rzeszy. Wykolejono 39 pociągów i przetrzymano w remoncie 91 parowozów.
Sabotaż przemysłowy:
- Opóźniono produkcję materiałów dla potrzeb wojska na okres 2-3 miesięcy oraz wykonano 2 699 aktów sabotażu, powodujących opóźnienia w produkcji.
Sabotaż bakteryjny:
- Do Rzeszy wyjechało 92 ludzi z bakteriami, a podczas koncentracji wojska na wschodzie użyto nosaciznę w 143 oddziałach, natomiast tyfus i czerwonkę w 178 wypadkach.
Niszczenie sprzętu wojskowego:
- Uszkodzono 2 112 samochodów, 15 ciągników oraz 7 tankietek.
Niszczenie zapasów materiałów wojskowych:
- Ogółem wywołano 93 pożary oraz zniszczono armijny skład amunicji w Białej Podlaskiej.

Uruchomienie akcji sabotażowo-dywersyjnej w pełnym wymiarze nastąpiło po wybuchu wojny niemiecko-radzieckiej.
Naczelny Wódz w swojej depeszy z 25 sierpnia 1941 r., polecił Komendantowi Głównemu ZWZ zorganizowanie i prowadzenie sabotażu i dywersji w maksymalnych granicach, zarówno na terenie Niemiec, jak i na bezpośrednim zapleczu Wehrmachtu.
W dalszej części depeszy oceniono, że otwarta walka dywersyjno-partyzancka byłaby przedwczesna i doprowadziłaby do ogromnych strat w substancji Narodu.
Atak niemiecki na ZSRR zmienił radykalnie patrzenie się na kwestię dywersji utajonej. Wobec poważnie zapowiadającej się współpracy wojskowej ze Związkiem Radzieckim, gen. Sikorski wysunął koncepcję zorganizowania dywersji w poważniejszym zakresie na terenach ZSRR, położonych między Dźwiną a Dnieprem.
Naciski sztabu brytyjskiego, który przywiązywał do tej koncepcji równie dużą wagę, zaowocowało przystąpieniem do tworzenia specjalnej organizacji o kryptonimie "Wachlarz".
Innym ośrodkiem walki sabotażowo-dywersyjnej, tym razem cywilnej, zostało utworzone jeszcze w marcu/kwietniu 1941 r., Kierownictwo Walki Cywilnej, które skupiało niezaangażowane w pracy wojskowej organizacje polityczne, społeczne i zawodowe.

W myśl "Instrukcji dywersji zbrojnej", wydanej przez Komendanta Głównego ZWZ, prawdopodobnie jako aneks do planu powstania ogólnokrajowego (raport operacyjny nr 54), głównymi przedmiotami dywersji zbrojnej miało być:

- Przerywanie połączeń komunikacyjnych drogowo-kolejowych i łączności.
- Osobowe akcje terrorystyczne, wymierzone przeciwko administracji, policji i wojsku.

Działalność taka miała być ściśle skoordynowana z taktycznymi zadaniami oddziałów powstańczych, stając się jednym z środków walki w ręku dowódcy wykonującego zadania bojowe.
W myśl tej instrukcji, najprawdopodobniej w drugiej połowie 1941 r., rozpoczęto formowanie tzw. Sekcji Specjalnych (SS) w składzie 3-6 osób, do których wybierano wyselekcjonowanych żołnierzy z oddziałów liniowych. Zadaniem Sekcji Specjalnych w okresie przygotowawczym do powstania było rozpoznawanie terenu i obiektów, gromadzenie materiałów i środków bojowych oraz przeszkolenie w zakresie technicznego wykonania planowanego działania dywersyjnego.
Po opracowaniu nowej wersji powstania powszechnego, zwanej Raportem operacyjnym nr 154, z 8 września 1942 r., oraz w wyniku połączenia zawartych tam koncepcji z zadaniem nasilenia działalności sabotażowo-dywersyjnej Sekcje Specjalne utraciły swoje pierwotne przeznaczenie i m.in. w Okręgu Warszawskim zasiliły częściowo szeregi Związku Odwetu, a następnie tworzonego od listopada 1942 Kierownictwa Dywersji.
Obok wymienionych wyżej inicjatyw organizacyjnych, dalszemu rozwojowi ulegała organizacja Związku Odwetu. Było to związane także z głęboką reorganizacją strukturalną ZWZ a w szczególności Obszaru nr 1 z przełomu 1941-1942 r.
Dostępne dane pozwalają tylko częściowo oddać to, jaki był dokładnie udział Związku Odwetu w intensyfikacji walki dywersyjno-sabotażowej w tym okresie.

Bilans działalności ZO w drugim półroczu 1941 r., przedstawia się następująco (meldunek Komendy ZWZ za okres 1 lipca - 1 grudnia 1941 r.):
Dokonano 26 000 różnego rodzaju akcji sabotażowo-dywersyjnych w tym:

- Podpalono szyb naftowy, 3 tartaki, 20 fabryk i magazynów, 134 pociągi.
- Spalono 2670 wagonów, 16 cystern z benzyną.
- Wykolejono 60 pociągów, 16 parowozów i 158 wagonów.
- Uszkodzono 1439 samochodów oraz 22 samoloty.

W okresie tym patrole i komórki sabotażowe ZO działały w 80-ciu dużych zakładach przemysłowych, 120 fabrykach, 32 rafineriach i licznych warsztatach naprawczych.

Wiosną 1942 r., dotychczasowe patrole sabotażowo-dywersyjne ZO zaczęto rozbudowywać w oddziały dyspozycyjne. Zmianom uległy również metody prowadzenia walki bieżącej, a wzrastająca sprawność zespołów ZO sprawiła, że mimo poważnych "wsyp" w jej szeregach, wyniki działalności pozostawały na tym samym poziomie.
Do najaktywniejszych należały grupy ZO na Śląsku, w Warszawie, w Krakowskiem i Kieleckiem.
Tylko w lutym 1942 r., w samym tylko sabotażu kolejowym - na terenach GG, włączonych do Rzeszy i w samej Rzeszy - wykolejono 46 pociągów, 76 wagonów, podpalono 41 pociągów i 55 wagonów, 27 cystern ze środkami pędnymi (22 zanieczyszczono), zalano kwasem panewki w 417 parowozach i 1392 wagonach, spalono 270 ton zboża i 120 ton słomy.

Szczytowymi osiągnięciami Związku Odwetu, nie tylko w Okręgu Warszawskim, ale na całym terenie okupowanej Polski były akcje "Wieniec" i "Odwet kolejowy". Obie zamykały również trwającą od kwietnia 1940 r., sabotażowo-dywersyjną działalność Związku Odwetu.
Pierwsza z nich wykonana została 8 października 1942 r., na liniach warszawskiego węzła kolejowego, przecinając tory w Markach, Rembertowie, Aninie, Legionowie, Gołąbkach, na linii do Kutna.
Drugą, w odpowiedzi na niemieckie represje, przeprowadzono w nocy z 16 na 17 listopada, na linii Radom-Dęblin-Łuków-Terespol, wykolejając 5 pociągów, niszcząc most kolejowy i kolejny uszkadzając. Dodatkowo uszkodzono tory w dwóch miejscach i wykolejono 3 pociągi ratownicze.
Akcję "Odwet kolejowy" kontynuowano w grudniu 1942 r., kiedy to 11-stego tego miesiąca wykolejono pociąg wojskowy na linii Siedlce-Czeremcha (zniszczono 15 wagonów) i pociąg na linii Wyszków-Ostrołęka.

Wraz ze zmieniającą się sytuacją wojenną gen. Rowecki dostrzegł potrzebę przestawienia Armii Krajowej na aktywniejszą działalność bojową. Decyzja ta wymagała powołania specjalnego ośrodka, zapewniającego jednolitość kierownictwa i dowodzenia. Jesienią 1942 r., w ramach Komendy Sił Zbrojnych w Kraju utworzono Kierownictwo Walki Konspiracyjnej, któremu zostały podporządkowane wszystkie inicjatywy oraz ośrodki prowadzące walkę z okupantem na terenie kraju.
Utworzenie KWK pociągnęło za sobą zamknięcie działalności Związku Odwetu, który w listopadzie 1942 r., wszedł w skład tworzonego właśnie Kierownictwa Dywersji "Kedywu", jako zbrojnego ramienia KWK.
Cały okres działalności ZO, ze względu na stosowane metody, można określić raczej jako okres dywersji technicznej. Wystąpienia zbrojne zdarzały się sporadyczne, co było dyktowane przez najwyższe szczeble decyzyjne zarówno w Kraju jak i na emigracji.
Utworzenie KWK jak i "Kedywu" otworzyło nowy okres, w którym punkt ciężkości został przesunięty z sabotażu i dywersji technicznej na dywersję bojową.