Zadania Kriegsmarine w ramach "Fall Weiss", niemieckiego planu ataku na Polskę, określiła dyrektywa Oberkommando der Wehrmacht z 3 kwietnia 1939.
Były one następujące:
- zniszczenie lub wyeliminowanie polskich sił morskich
- zablokowanie polskich portów, przede wszystkim Gdyni
- przerwanie polskiego handlu morskiego
- zabezpieczenie komunikacji morskiej z Prusami Wschodnimi
- ochrona połączeń żeglugowych ze Skandynawią i państwami bałtyckimi
- rozpoznanie i ubezpieczenie na wypadek interwencji floty radzieckiej (w powstałej w końcu sierpnia 1939 sytuacji politycznej ostatnie zadanie stało się zbędne).

16 maja 1939 r., Grossadmiral Erich Raeder wydał pierwsze szczegółowe wytyczne na wypadek wojny z Polską. Przewidywały one m.in. zaminowanie polskich portów, blokadę Zatoki Gdańskiej i zwalczanie żeglugi, (Raeder zezwolił U-Bootom na zatapianie polskich i neutralnych statków handlowych bez ostrzeżenia).
Ze względu na zagrożenie ze strony polskich okrętów podwodnych, własna żegluga pomiędzy Rzeszą a Prusami Wschodnimi miała być zawieszona. Ciężkie jednostki Kriegsmarine i część U-Bootów skoncentrowano w portach Morza Północnego, w celu przeciwdziałania ewentualnym próbom przedarcia się floty brytyjskiej na Bałtyk. Nie planowano wysadzania desantów na polskim wybrzeżu, które miało zostać zajęte wyłącznie w wyniku operacji lądowych.

Do działań przeciwko Polsce utworzono Grupę Marynarki "Wschód".
W jej skład weszła duża część potencjału Kriegsmarine:
    2 pancerniki szkolne,
    4 krążowniki lekkie,
   11 niszczycieli,
   10 torpedowców,
    2 szkolne okręty artyleryjskie,
    8 ścigaczy torpedowych,
   10 okrętów podwodnych,
    4 eskortowce,
   21 ścigaczy okrętów podwodnych,
   25 trałowców,
   20 kutrów trałowych,
    2 okręty-bazy,
   ponadto liczne uzbrojone parowce (zmobilizowane jako okręty strażnicze) i kutry rybackie (pomocnicze trałowce).

Siły lotnicze składały się z niepełnego dywizjonu lotnictwa morskiego i 4 dywizjonów lotnictwa przybrzeżnego (144-148 samolotów). W razie potrzeby polską flotę i bazy morskie mogły atakować również jednostki lotnicze, wchodzące w skład 1 Floty Powietrznej (wspierającej Grupę Armii "Północ").

W przeddzień konfliktu szczególne zadanie wyznaczono pancernikowi szkolnemu "Schlezwig-Holstein", który, przybywszy do Wolnego Miasta Gdańska pod pozorem kurtuazyjnej wizyty, w istocie miał wesprzeć ogniem swych dział szturm polskiej Wojskowej Składnicy Tranzytowej na Westerplatte (a następnie wspomagać inne działania w Zatoce Gdańskiej i na Helu).
Tuż przed wybuchem wojny większość najsilniejszych okrętów Polskiej Marynarki Wojennej (3 niszczyciele) popłynęła do Wielkiej Brytanii, zatem Kriegsmarine również wycofała z operacji przeciwko Polsce część jednostek (m.in. lekkie krążowniki).

Nagłe odwołanie przez Hitlera pierwotnie wyznaczonego terminu napaści na Polskę (26.08) zastało okręty niemieckie na morzu, w drodze na pozycje wyjściowe. Podczas powrotu do portów Kriegsmarine poniosła nieoczekiwaną stratę - torpedowiec "Tiger" został staranowany przez niszczyciel "Max Schultz" i zatonął z większością załogi.

Otwarcie ognia na Westerplatte przez "Schlezwig-Holstein" w dniu 1 września 1939 o godzinie 4.48, (z trzyminutowym opóźnieniem wobec planu) można uznać za moment (symboliczny wprawdzie), wybuchu II wojny światowej. Zaraz potem nastąpił pierwszy atak lądowy na polską placówkę. Przeprowadziła go kompania szturmowa marynarki z pancernika, która została przez obrońców odparta. W tym oraz w kolejnym szturmie 1 września, poniosła ona ciężkie straty.

Wiele polskich okrętów nawodnych zostało zniszczonych w wyniku uderzeń lotnictwa (m.in. niszczyciel "Wicher", stawiacz min "Gryf" i trałowiec "Mewa" na Helu 03.09; trałowce "Jaskółka" i "Czapla" w Jastarni 14.09). Większość ocalałych z nalotów jednostek (głównie okręty pomocnicze), uległa samozatopieniu tuż przed upadkiem Helu.
Siły lekkie i patrole lotnicze, tropiące piątkę polskich okrętów podwodnych (które operowały wokół Helu i na południowym Bałtyku) w znacznym stopniu sparaliżowały działania tych jednostek. Mimo to niemieckie bomby głębinowe nie zniszczyły ani jednej z nich. Okręty podwodne z ataków nie wychodziły jednak bez szwanku - np. niszczyciel "Friedrich Ihn" zdołał uszkodzić "Sępa" (02.09). Nieskuteczne były ataki U-Bootów - U-14 na "Sępa" (03.09) i U-22 na "Żbika" (06.09).
Ostatecznie, "Orzeł" i "Wilk" zdołały przejść Cieśniny Duńskie i dotarły do Wielkiej Brytanii, a "Sępa", "Rysia" i "Żbika" internowano w Szwecji.

Do jedynego starcia sił nawodnych doszło 3 września pod Helem. W wyniku pojedynku artyleryjskiego pomiędzy dwoma niemieckimi niszczycielami a "Wichrem" i "Gryfem", zakotwiczonymi w porcie helskim (wspierała je bateria nadbrzeżna 152,4 mm), uszkodzenia odniósł niszczyciel "Leberecht Maass" oraz "Gryf" i trałowiec "Mewa".

Przez cały okres kampanii intensywnie działały niemieckie siły trałowe, oczyszczając z min wody Zatoki Gdańskiej i wokół Helu. Operacje te Niemcy okupili stratą jednego trałowca (M - 85, który 1 października poderwał się na minie z zagrody postawionej przez okręt podwodny "Żbik"). W ich trakcie miało też miejsce kilka utarczek z polskimi bateriami nadbrzeżnymi (np. 04.09, 14.09, 16.09), pod których ostrzałem trałowce często musiały przerywać swe akcje.
Do wymiany ognia z polską artylerią brzegową na Oksywiu (w praktyce - pojedynczym działem 100 mm) dochodziło również podczas prób jej zniszczenia (np. 02.09, 18.09) i gdy Niemcy wspierali ogniem własne wojska lądowe (np. 07.09, 19.09). W walkach tych brały udział pancerniki szkolne "Schlezwig-Holstein" i "Schlesien".
One właśnie, bez powodzenia, próbowały unieszkodliwić (w okresie 18-27.09) najcięższą polską baterię na cyplu helskim (4 działa 152,4 mm). W walce z nią "Schlezwig-Holstein" został lekko uszkodzony (27.09).
Morska blokada okazała się bardzo skuteczna. Zdołały ją sforsować tylko 2 jachty, 2 kutry rybackie oraz kuter pościgowy "Batory", który w noc przed kapitulacją Helu (01/02.10) przedarł się do Szwecji.

7 września poddali się obrońcy Westerplatte. 14 września oddziały Wehrmachtu wkroczyły do Gdyni, a 19 września zdobyły Kępę Oksywską. Szturmowany z lądu, ostrzeliwany z morza i bombardowany z powietrza Hel bronił się do 2 października. Po jego kapitulacji kampania 1939 roku na Bałtyku została zakończona.